Faktury wysłane do KSeF przez pomyłkę należy skorygować
Jedynym sposobem wyeliminowania z obrotu gospodarczego faktury omyłkowo wprowadzonej do KSeF jest wystawienie faktury korygującej.
Czynny podatnik VAT, objęty obowiązkiem wystawiania faktur w Krajowym Systemie e-Faktur (KSeF) od 1 kwietnia 2026 r., zajmuje się detaliczną i hurtową sprzedażą towarów. W marcu 2026 r. podatnik przeprowadził test integracji swojego systemu finansowo-księgowego z systemem KSeF. Podczas tego testu doszło do niezamierzonego i omyłkowego masowego przesłania do systemu KSeF ponad 2500 faktur sprzedaży wystawionych wcześniej w lutym oraz marcu 2026 r. Faktury te zostały wystawione zgodnie z przepisami obowiązującymi przed dniem 1 kwietnia 2026 r. oraz doręczone kontrahentom poza systemem KSeF jako faktury elektroniczne w dniu realizacji wysyłki zamówień, funkcjonowały w obrocie gospodarczym przed ich zapisaniem w systemie KSeF, zostały ujęte w ewidencjach podatkowych, wykazane w plikach JPK_VAT oraz rozliczone zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa podatkowego. Faktury te dokumentowały zarówno sprzedaż krajową, jak i wewnątrzwspólnotowe dostawy towarów (WDT). W wyniku omyłkowej wysyłki faktury zostały skutecznie zapisane w systemie Krajowym Systemie e-Faktur oraz nadano im numery identyfikacyjne KSeF.
Podatnik jest zdania, że w związku z przypadkowym przesłaniem do KSeF faktur, które wcześniej zostały prawidłowo wystawione poza tym systemem, doręczone kontrahentom i prawidłowo rozliczone podatkowo, nie ma obowiązku wystawiania faktur korygujących te faktury do zera wyłącznie ze względu na fakt zapisania dokumentów w systemie KSeF. Aby uzyskać potwierdzenie swojego stanowiska, wystąpił o indywidualną interpretację. We wniosku argumentował, że sam fakt nadania dokumentom numerów KSeF nie powoduje obowiązku wystawienia faktur korygujących, skoro zapis faktur w systemie nastąpił omyłkowo i nie był związany z rzeczywistą intencją wystawienia faktur w tym systemie. W jego ocenie masowy zapis faktur jednego dnia wskazuje na testowy i wdrożeniowy charakter zdarzenia, a nie na świadome wystawianie faktur w systemie KSeF. Podkreślił też, że przepisy ustawy o podatku od towarów i usług nie przewidują obowiązku wystawiania faktur korygujących wyłącznie z tego powodu, że faktura została omyłkowo zapisana w systemie KSeF przed dniem powstania obowiązku korzystania z tego systemu.
Z firmly przygotujesz i wyślesz JPK_V7M lub JPK_V7K prosto z przeglądarki!
firmly ułatwia wprowadzanie faktur, generowanie JPK_V7M, JPK_V7K i JPK_FA, oraz umożliwia online wysyłkę do urzędu skarbowego z e-podpisem. Sprawdź statusy wysyłki i pobieraj Urzędowe Poświadczenia Odbioru (UPO) bezpośrednio w aplikacji.
Przejdź do firmly i ułatw sobie pracę z JPK »
Zdublowana faktura, podwójny podatek
Z tym stanowiskiem nie zgodził się jednak Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej. W interpretacji przypomniał, że system KSeF nie przewiduje możliwości anulowania, usunięcia czy edytowania wprowadzonej do niego faktury. Faktura po przyjęciu do KSeF staje się dokumentem prawnym, pozostającym w obiegu gospodarczym, zaś w momencie przydzielenia przez system KSeF danej fakturze numeru, uznawana jest za otrzymaną przez nabywcę towaru bądź usługi. Zatem jeżeli faktura została wprowadzona do KSeF przez pomyłkę bądź zawiera błędy, należy każdorazowo zweryfikować je fakturą korygującą również wystawioną w KSeF.
Faktury, których dotyczy wniosek o interpretację, należy uznać za błędnie wprowadzone do obrotu prawnego, gdyż dokumentują zdarzenia gospodarcze, które już były udokumentowane fakturami wysłanymi w sposób elektroniczny. Jedynym sposobem na wyeliminowanie ich z obrotu prawnego jest wystawienie do nich faktur korygujących. Faktury korygujące powinny być w tym przypadku wystawione „do zera”, gdyż dokumenty zostały omyłkowo wprowadzone do Krajowego Systemu e-Faktur, w którym nie powinny się znaleźć. Nie ma przy tym znaczenia fakt, że do transferu faktur do KSeF doszło w czasie, kiedy podatnik nie był jeszcze zobowiązany do wystawiania faktur ustrukturyzowanych.
Natomiast pozostawienie w systemie faktur omyłkowo przesłanych do KSeF wiązałoby się z ryzyka zastosowania przez organ podatkowy art. 108 ust. 1 ustawy o VAT. Zgodnie z tym przepisem osoba prawna, jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej lub osoba fizyczna, która wystawi fakturę i wykaże w niej kwotę podatku, jest zobowiązana do jego zapłaty. Ten obowiązek dotyczy również sytuacji, w której podatnik wystawi kilka faktur dokumentujących tę samą czynność. Jeżeli bowiem dokonana przez podatnika na rzecz kontrahenta czynność opodatkowana VAT zostanie udokumentowana dwoma różnymi fakturami, to co do zasady podatnik będzie zobowiązany do zapłaty wykazanego podwójnie podatku - wyjaśnił Dyrektor KIS.
Faktura w KSeF, jej korekta poza KSeF
Źródło: indywidualna interpretacja 0114-KDIP1-3.4012.298.2026.1.KP z 23 czerwca 2026 r.
